FIDMAG se constituye con el objetivo de promover e impulsar la docencia y la investigación en todos y cada uno de los centros de las HHSCJ, sin prejuicio que puedan beneficiarse de las actividades desarrolladas por la Fundación Centros pertenecientes o no a la congregación o personas no vinculadas a la Institución.
Establecer una colaboración efectiva e integrativa entre ellos, creando sinergias y desarrollando toda su potencialidad.
Trasladar a la Sociedad los avances de la investigación y contribuir a mejorar la salud y la calidad de vida de la población.
Convertirse en un referente nacional e internacional, con publicaciones en revistas de alto nivel de impacto, y estar presentes en los principales organismos nacionales e internacionales.
Tener estabilidad financiera que asegure una investigación de calidad orientada a alcanzar resultados al corto, medio y largo plazo