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Los pacientes con un primer episodio de psicosis (PEP) presentan una amplia gama de factores de riesgo metabólicos relacionados con el desarrollo de diversas comorbilidades médicas. Las etapas iniciales de estos trastornos son esenciales para comprender la mayor vulnerabilidad del desarrollo de trastornos cardiometabólicos, asociados con una reducción de la esperanza de vida. Este estudio tuvo como objetivo evaluar el perfil metabólico de una cohorte de pacientes con PEP y su evolución durante un seguimiento de dos años, así como los factores que influyen en los cambios en su estado metabólico. 16 centros participantes del PEPs reclutaron 335 sujetos con un PEP y 253 controles sanos, de 9 a 35 años. Se investigaron un conjunto de medidas antropométricas, signos vitales y datos de laboratorio obtenidos de cada participante durante dos años en un estudio prospectivo. Desde el inicio del estudio, el grupo PEP mostró diferencias en el perfil metabólico en comparación con el grupo control, junto con un empeoramiento progresivo en la mayor parte de las variables analizadas durante el período de seguimiento, con mayores tasas de obesidad y síndrome metabólico. Ciertos factores de riesgo se relacionaron con determinadas variables clínicas como el sexo masculino, la presencia de síntomas afectivos o de inicio temprano o con variables de tratamiento como el uso de polifarmacia antipsicótica, antidepresivos o estabilizadores del estado de ánimo. Nuestros resultados ponen de relieve el riesgo extremadamente alto de los pacientes en las primeras fases de la esquizofrenia y otros trastornos psicóticos de desarrollar comorbilidad cardiovascular y el rápido empeoramiento del perfil metabólico durante los dos primeros años.